시즌 2 · 알파폴드편 / PART 9 · PART 9 · 다리: 게임에서 과학으로 / Ch 5 · AI의 등장 — DeepMind와 CASP13

2020년 11월 — CASP14의 결정타

2020년 11월 30일. 코로나로 인해 온라인으로 진행된 CASP14 회의.

🎬 회의 분위기 — 기대와 긴장
  • 2년 전 AlphaFold 1의 충격 — 이번엔 무엇이 나올까
  • 학계의 다른 그룹들도 딥러닝 기반 방법 준비 — 격차가 줄었을 수도?
  • 일부 예측: "AlphaFold 2가 또 1위겠지만 격차는 줄어들 것"
  • 일부 의심: "DeepMind가 큰 발표를 할 수도 있다"
📖 John Moult의 마스터풀한 발표

회의 초반, Moult가 결과를 단계별로 풀어 보였다 — 긴장감을 만들어가며.

  1. "이번 CASP는 약간 특이하다"는 운두
  2. "한 그룹이 인상적인 결과를 보였다"는 힌트
  3. CASP 30년의 역사 그래프 보여주기 시작
  4. 1994년 ~ 2018년 — 점진적 발전 라인
  5. 2018년 CASP13 — AlphaFold 1의 첫 점프
  6. 그리고 마지막 점 — CASP14 — 그래프 끝이 화면 밖까지 솟아오름

참가자들의 반응 — "오 마이 갓" 디스코드 채널에서 메시지 폭주.

🎯 충격적 숫자들
  • AlphaFold 2 median GDT-TS: 92.4 (87개 도메인, 92개 중)
  • 2위와의 격차: 약 25점
  • 실험 정확도(보통 90 이상)에 거의 도달
  • 평균 RMSD 약 1.6Å — 원자 한 개 너비 수준의 정확도
  • "공정 평가에서 한 그룹이 다른 모두를 25점 차이로 이긴다"는 사건은 CASP 30년 역사에 없었다
CASP14 — AlphaFold 2 vs 2위 그룹 비교 0 25 50 75 92 실험정확도 AlphaFold 2 92.4 Baker (2위) ~67 3위 4위 5위 6위 ~25점 차이!
📖 검증을 위한 특별 챌린지 — archaea 단백질

CASP14 평가위원들조차 의심했다. "이게 정말 가능한가?"

특별 챌린지를 던졌다 — archaea (고대 미생물)의 막 단백질. 이 단백질은 X-ray로 구조 결정이 10년 가까이 안 됐던 골치 단백질.

  • 알파폴드 2의 예측 결과 — 디테일이 완벽한 3-part 단백질 구조
  • 실험팀이 그 예측을 받아서 다시 X-ray 데이터와 비교 — 거의 정확히 일치
  • Max Planck의 Andrei Lupas: "It's almost perfect... they could not possibly have cheated on this. I don't know how they do it." ("거의 완벽하다... 속였을 수가 없다. 어떻게 했는지 모르겠다.")
💡 정리 — CASP14의 의미

CASP14의 결과는 단순한 1위가 아니었다.

  • 실험 정확도에 도달 → "예측이 곧 측정"
  • 학계가 50년 풀려고 한 문제를 풀어버림
  • 2위와의 격차가 정상이 아닐 정도로 큼 → 단순 점진적 발전이 아닌 패러다임 전환

이게 다음 섹션 — Moult의 공식 선언과 학계의 인정.