시즌 2의 남은 길 — PART 10~14 미리보기
이번 PART 9가 끝나면 시즌 2의 본격 본론으로 들어간다. 미리 큰 길을 보자.
📖 PART 10 — 단백질 기초
- 아미노산 20글자의 알파벳
- 1차 구조(서열) → 2차 구조(알파헬릭스, 베타시트) → 3차 구조(전체 3D 폴딩)
- 왜 어떤 서열은 어떤 모양으로 접히는가
- 실험으로 구조를 결정하는 방법 (X-ray, NMR, Cryo-EM)
도메인 입문. 단백질 자체를 한 번도 본 적 없어도 이해할 수 있는 수준에서 시작.
📖 PART 11 — AlphaFold 1 (2018)
- CASP13에서 우승한 첫 알파폴드
- 주요 아이디어: 거리 행렬 예측 (어느 두 원자가 얼마나 가까운가)
- MSA에서 진화 정보 추출
- 왜 충분히 강하지만 충분히 정확하지는 않았나
📖 PART 12 — AlphaFold 2 (2020)
시즌 2의 클라이맥스. 가장 깊이 들어가는 파트.
- Evoformer — MSA와 페어 표현을 함께 처리하는 트랜스포머 변형
- Invariant Point Attention (IPA) — 3D 좌표를 직접 출력하는 attention 메커니즘
- Recycling — 한 번의 예측을 입력으로 다시 넣어 개선
- 실험 정확도에 거의 도달한 비결
📖 PART 13 — AlphaFold 3 (2024)
- 단백질만이 아니라 DNA, RNA, 작은 분자, 이온까지
- diffusion 기반 생성 모델로 전환
- AlphaFold 2의 한계와 그것을 넘는 새 접근
📖 PART 14 — 같은 뿌리, 다른 열매
시즌 2의 마지막. 회고와 정리.
- 알파고와 알파폴드가 진정으로 공유하는 것들
- "단순한 알고리즘 + 데이터 + 계산"이라는 패러다임의 한계와 가능성
- 다음 도메인 — 어디로 갈 것인가
💡 PART 9 안에서의 남은 챕터
PART 9에서 본 챕터(Ch 1)는 큰 그림. 남은 PART 9 챕터들은:
- Ch 2: 단백질 — 생명의 모든 기계 (단백질이 왜 중요한가)
- Ch 3: 구조가 곧 기능 (왜 구조 예측 문제가 중요한가)
- Ch 4: 50년의 미해결 문제 (Anfinsen, CASP의 역사)
- Ch 5: AI의 등장 (DeepMind와 CASP13 자세히)
이 챕터들이 PART 10의 진짜 단백질 기초로 들어가기 전 도입을 완성한다.