시즌 2 · 알파폴드편 / PART 10 · 단백질 기초 — 아미노산에서 3차 구조까지 / Ch 3 · 3차 구조 — 도메인, fold, motif

4가지 큰 fold 클래스

1000여 개의 fold를 크게 4가지 클래스로 나눌 수 있다. 어떤 2차 구조가 주로 있느냐를 기준으로.

📖 4가지 fold 클래스
  • 1. All-α 클래스: α-나선만 있고 β-주름 거의 없음. 단백질의 약 30%.
  • 2. All-β 클래스: β-주름이 주이고 α-나선 거의 없음. 약 20%.
  • 3. α/β 클래스: α와 β가 번갈아가며 — 사슬 따라 α-β-α-β 순서. 약 30%.
  • 4. α+β 클래스: α와 β가 있지만 분리됨 — 한쪽은 α만, 다른 쪽은 β만. 약 20%.
4가지 Fold 클래스 — 모식도 All-α α-나선만, β-주름 거의 없음 예: 4-helix bundle Myoglobin All-β β-주름만 예: Immunoglobulin β-barrel α/β (alternating) α-β-α-β 순서로 번갈아 예: TIM barrel Rossmann fold α+β (separated) α와 β가 분리되어 모임 예: Lysozyme Ferredoxin
🎯 각 클래스의 특징
  • All-α: 코일들이 모여 단단한 다발. DNA 결합 단백질, 막 단백질에 흔함. 예: myoglobin, 4-helix bundle.
  • All-β: 평면 sheet가 굽혀져 sandwich 또는 barrel을 만듦. 면역계 단백질, 일부 효소. 예: immunoglobulin, GFP.
  • α/β: 가장 흔한 클래스 (효소의 약 30%). 중앙 β-sheet가 양쪽 α-helix로 감싸짐. 예: TIM barrel, Rossmann fold.
  • α+β: 한 도메인 안에 α 영역과 β 영역이 분리. 예: lysozyme, ferredoxin.
💡 정리

이 4가지 클래스를 잡으면 PDB의 모든 단백질을 큰 그림에서 분류 가능.

각 클래스 안에서 — 더 세분화된 fold들이 있다. 다음 섹션 — 그중 유명한 몇 개.