시즌 2 · 알파폴드편 / PART 10 · 단백질 기초 — 아미노산에서 3차 구조까지 / Ch 2 · 펩티드 결합과 2차 구조 — α-나선, β-주름

펩티드 결합 — 아미노산을 잇는 화학 결합

아미노산 두 개를 어떻게 연결할까. 답 — 펩티드 결합이라는 특정 화학 결합.

📖 펩티드 결합의 형성 — 탈수 반응

한 아미노산의 카르복실기(-COOH)와 다른 아미노산의 아미노기(-NH₂)가 만나면:

  • -COOH에서 -OH가 빠짐
  • -NH₂에서 -H가 빠짐
  • 합쳐서 물(H₂O) 한 분자가 떨어져 나옴
  • 두 아미노산이 -CO-NH- 결합으로 연결됨

이 결합을 펩티드 결합 (peptide bond) 또는 아미드 결합 (amide bond)이라 부른다.

펩티드 결합 형성 (탈수 반응) 아미노산 1 NH₂ -CHR₁- COOH 아미노산 2 NH₂ -CHR₂- COOH -OH (COOH에서) -H (NH₂에서) → 물(H₂O) 떨어져 나감 NH₂ -CHR₁- CO-NH -CHR₂- COOH ← 펩티드 결합
🎯 사슬 만들기

두 아미노산이 연결되면 디펩티드(dipeptide). 셋이면 트리펩티드, 네 개부터는 일반적으로 폴리펩티드(polypeptide).

  • 두 아미노산: 디펩티드
  • 10~50개: 펩티드 또는 짧은 단백질 (예: 인슐린, 호르몬)
  • 50개 이상: 단백질

한 단백질에 보통 100~1000 아미노산. 그러니까 100~1000개의 펩티드 결합으로 연결된 긴 사슬이 된다.

📖 방향성 — N-말단과 C-말단

단백질 사슬은 방향이 있다. 사슬의 한쪽 끝은 -NH₂가 남아 있고, 다른 쪽 끝은 -COOH가 남아 있다.

  • -NH₂가 남은 쪽 → N-말단 (N-terminus)
  • -COOH가 남은 쪽 → C-말단 (C-terminus)
  • 관습: 단백질 서열을 적을 때 N-말단부터 시작
  • 리보솜이 단백질을 만들 때도 N-말단부터 C-말단 방향

예 — 인슐린 A 사슬 "GIVEQCCTSICSLYQLENYCN"에서 G가 N-말단, N이 C-말단.

💡 정리

펩티드 결합은 단백질을 만드는 단 한 종류의 화학 결합이다.

  • 아미노산 + 아미노산 + ... = 단백질 사슬
  • 각 결합마다 물 한 분자가 떨어져 나옴
  • 한 단백질은 N-말단 → C-말단 방향성

이 단순한 결합이 단백질 구조의 모든 가능성을 만든다. 그 결합의 특별한 성질이 다음 섹션.