2차에서 3차로 — 평면에서 입체로
🎬 지난 챕터 요약
Ch 2에서 우리는 단백질의 2차 구조를 봤다 — α-나선, β-주름, loop. 이게 단백질의 "부분적 모양".
이제 이 부분들이 어떻게 모여 전체 3D 모양이 되는지 본다. 3차 구조 (tertiary structure)의 세계.
🎯 단어 → 문장 → 단락
비유로 정리하면:
- 1차 구조 (서열): 알파벳 → Ch 1
- 2차 구조 (α/β/loop): 단어 → Ch 2
- 3차 구조 (전체 3D): 문장 → 이번 챕터
- 4차 구조 (복합체): 단락 → 이번 챕터 후반
그리고 알파폴드의 출력이 바로 — 3차 구조의 모든 원자 좌표. 이번 챕터의 어휘가 PART 11~13의 알고리즘 이해의 직접적 기반이 된다.
📖 이번 챕터의 14단계
- 3차 구조란 무엇인가 — 정의와 핵심 특성
- 도메인 (Domain) — 독립적으로 접히는 단위
- Fold — 도메인의 큰 구조 패턴
- 4가지 큰 fold 클래스 — all-α, all-β, α/β, α+β
- 유명한 fold들 — TIM barrel, Rossmann fold, Immunoglobulin fold 등
- Motif — fold보다 작은 구조 단위
- 유명한 motif들 — helix-turn-helix, zinc finger, EF-hand, leucine zipper
- Fold 분류 시스템 — CATH와 SCOP
- 구조-기능의 미묘함 — 같은 fold, 다른 기능
- 4차 구조 (Quaternary) — 여러 사슬이 만나는 복합체
- 코드 — 서열에서 fold motif 검출 (Rossmann, EF-hand)
- 확인 퀴즈
- 챕터 정리
- Ch 4 (MSA) 예고
💡 한 줄 미리보기
"3차 구조 = 한 도메인의 전체 3D 모양 = 여러 2차 구조 단위가 모인 fold 패턴."
이 한 줄을 머릿속에 두고 14단계를 풀어가자.