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시즌 2 · 알파폴드편 / PART 10 · 단백질 기초 — 아미노산에서 3차 구조까지 / Ch 1 · 아미노산 20글자 — 단백질의 알파벳

PART 10 시작 — 단백질의 알파벳

🎬 PART 9 종료 후 — 본격 진입

PART 9에서 우리는 "왜"를 잡았다. 왜 단백질 문제고, 왜 그게 50년 묵었고, 왜 DeepMind가 풀었나.

이제 PART 10부터는 "무엇"으로 옮긴다. 단백질 자체를 자세히 — 그 뒤에 PART 11부터 본격 알고리즘.

🎯 PART 10의 큰 그림 (6 챕터)
  1. Ch 1 (지금): 아미노산 20글자 — 단백질의 알파벳
  2. Ch 2: 펩티드 결합과 2차 구조 — α-나선, β-주름
  3. Ch 3: 3차 구조 — 도메인, fold, motif
  4. Ch 4: MSA — 진화 정보가 곧 구조 단서 (알파폴드 입력의 핵심)
  5. Ch 5: 실험 구조 결정 — X-ray, NMR, Cryo-EM
  6. Ch 6: PDB와 데이터베이스 — 단백질 구조 데이터의 세계

PART 10이 끝나면 단백질 어휘가 충분히 잡혀서 PART 11(AlphaFold 1)로 자연스럽게 들어갈 수 있다.

📖 이번 챕터(Ch 1)의 14단계
  1. 아미노산의 기본 구조 — 모든 아미노산이 공유하는 것
  2. 왜 정확히 20종인가
  3. 4가지 카테고리로 분류하기
  4. 소수성 아미노산 9종 — Val/Leu/Ile/Met/Phe/Trp/Pro/Ala/Gly
  5. 극성 무전하 6종 — Ser/Thr/Cys/Asn/Gln/Tyr
  6. 양전하 3종 — Lys/Arg/His
  7. 음전하 2종 — Asp/Glu
  8. 특수 3종 자세히 — Gly(가장 작음), Pro(꺾임), Cys(이황화결합)
  9. 한 글자 코드 — 외우는 방법과 패턴
  10. Hydrophobicity의 구조적 의미 — 왜 단백질이 안쪽/바깥쪽으로 갈리나
  11. 코드 — Kyte-Doolittle scale로 막 단백질 검출
  12. 확인 퀴즈
  13. 챕터 정리
  14. Ch 2 예고
💡 마음가짐 — 외우기보다 패턴 잡기

20종 아미노산을 일일이 외우려 하지 말자. 그 4가지 카테고리와 몇 가지 특별한 케이스(Gly, Pro, Cys)만 잡으면 충분.

알파폴드 입력의 핵심이 이 20글자 시퀀스고, 그 글자들의 성질이 구조 예측의 기초가 된다 — 그래서 정확히 한 번 짚고 넘어가는 게 PART 11~13의 길을 쉽게 만든다.

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