📓 Colab 노트북 사용법 (생물쟁이 첫걸음)

다음 챕터에서 ColabFold를 진짜로 돌리기 전에, 이번 챕터에서는 "Colab이 뭐고 어떻게 사용하는지"만 짚고 갑니다. 프로그래밍 경험 없는 생물 전공자도 안 헤매도록 하나하나 떠먹여드릴게요.

Colab을 처음 열어보기

지금 새 탭에서 colab.research.google.com를 한 번 열어보세요. 구글 계정으로 로그인하면 됩니다.

로그인 후 "새 노트북"을 클릭하면 빈 노트북이 만들어져요. 다음과 같이 생겼습니다.

핵심 개념 1. 셀 (Cell)

종이 노트북에 단락마다 글을 쓰는 거랑 비슷해요. 각 단락(=셀)이 코드 묶음을 갖고 있고, 실행하면 그 단락 코드만 돌아갑니다.

셀 실행하는 법

셀을 실행하려면 두 가지 중 하나를 하면 됩니다.

• 셀 왼쪽의 ▶ 버튼을 클릭
• 키보드 Shift + Enter

실행이 시작되면 ▶ 버튼이 회전하는 동그라미(⌛)로 바뀌어요. 끝나면 다시 ▶로 돌아오고, 셀 왼쪽에 작은 숫자가 표시됩니다. 이 숫자는 "몇 번째로 실행됐는지"를 나타내요. 즉 [1], [2], [3]… 같이.

핵심 개념 2. 출력 (Output)

셀을 실행하면 결과가 그 셀 바로 아래에 표시됩니다. 이게 출력(output)이에요.

• 코드가 만든 print(...) 메시지
• 표/그래프/그림
• 오류 메시지 (빨간색)
• 긴 로그 (스크롤 가능)

ColabFold를 돌리면 셀마다 출력이 좀 길게 나오기도 해요. "MSA 검색 중...", "모델 1 추론 중...", "완료!" 같은 진행 상황이 줄줄이 찍힙니다. 무서워하지 마세요. 그냥 진행 상황 보여주는 거예요.

핵심 개념 3. 변수는 셀 사이에 공유됨

한 셀에서 변수를 만들면 다음 셀에서 그 변수를 그대로 쓸 수 있어요.

ColabFold는 이걸 활용해서 만들어졌어요. 첫 셀에서 시퀀스를 변수에 넣고, 두번째 셀에서 그 시퀀스로 MSA 검색하고, 세번째 셀에서 그 MSA로 구조 예측… 이런 식으로 흘러갑니다.

핵심 개념 4. 런타임 (Runtime)

이게 ColabFold에서 가장 중요한 개념이에요. 런타임 = 구글이 빌려주는 가상 컴퓨터입니다.

GPU 런타임 켜는 법 (정말 중요!)

노트북 상단 메뉴에서 "런타임" → "런타임 유형 변경"을 클릭합니다.

1. "하드웨어 가속기" 옵션을 "T4 GPU"로 변경 (또는 그냥 "GPU"라고 표시될 수도 있음)
2. "저장" 버튼 클릭
3. (처음이라면 런타임이 다시 시작될 수 있음 — 정상)

런타임 연결 상태 확인

노트북 오른쪽 상단을 보면 작은 상태 표시가 있습니다.

• "연결 중..." — 런타임 시작 중 (몇 초 ~ 1분)
• "연결됨" 또는 "✓ T4" — 정상 작동 중, 셀 실행 가능
• "연결 끊김" — 90분 이상 안 쓰면 자동 끊김. 다시 연결 클릭.

실제 ColabFold 노트북 흐름 (미리보기)

다음 챕터에서 직접 따라할 ColabFold 노트북은 보통 이런 구조예요:

보다시피 어렵지 않아요. 위에서 아래로 ▶ 버튼 6번 정도 누르면 끝입니다. 코드는 한 줄도 안 쓰셔도 돼요.

알아두면 좋은 자잘한 팁들

한 번 직접 체험해보기 (선택)

다음 챕터로 가기 전에, 빈 Colab 노트북에서 1분 실습 해보면 좋아요:

1. colab.research.google.com에서 "새 노트북" 만들기
2. 첫 셀에 print("안녕") 입력 후 ▶ 누르기 → "안녕"이 출력되면 성공
3. 두번째 셀 만들고 x = 10 * 7, 세번째 셀에 print(x) → 70이 출력되면 변수 공유 이해 완료
4. 런타임 → 런타임 유형 변경 → T4 GPU 선택 → 저장
5. 오른쪽 상단에 "T4" 표시가 뜨면 준비 완료

이 정도면 ColabFold를 충분히 다룰 수 있습니다. 다음 챕터에서 본격적으로 단백질 구조 예측을 돌릴 거예요.

한 번 체크하고 가요